immune system To Artificial immune system

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

منذ زمن انتشر الابحاث عن الشبكات العصبية والجينات الوراثية والتى هى محاكاة للخلايا العصبية والوراثة فى الانسان بالترتيب
الان ظهرت ابحاث عن كيفية عمل الجهاز المناعى immune system
فى هذا الموضوع سوف اتطرق لهذا المجال وابدء بالمذاكرة فية معكم بأذن الله

الجهاز المناعى immune system

جهاز المناعة هو منظومة مكونة من خلايا وأعضاء بشرية مختلفة تعمل بتناغم لحماية الجسد من أعتداءات الغزاة الخارجيين عن الجسد. في العادة المعتدين كائنات صغيرة الحجم كالبكتيريا، الفيروسات، الطفيليات والفطريات. هذه الكائنات ترى في جسد الإنسان منطقة خصبة للتكاثر والنمو.

- الجهاز المناعي هو عبارة عن تجمع لملاين الملاين من الأنسجة والخلايا والجزيئات التي تعمل بشكل فردي أو جماعي لدفاع عن الجسم وفي الغالب ضد الأحياء الدقيقة التي قد تغزوا الجسم أو الأجسام الغريبة الأخرى والأنسجة الغريبة التي تغرس (تزرع) في الجسم
- الحماية ليست هي الوظيفة الوحيدة لجهاز المناعة ، بل أن الجهاز المناعي يساهم أيضا في شفاء الجروح والمساعدة في إزالة خلايا الجسم التي ماتت بشكل طبيعي أو أصبحت هرمة وغير فاعلة وظيفيا. كما أن الجهاز المناعي لا يقوم بوظيفة الدفاع بشكل فردي وإنما هناك العديد من الأعضاء الأخرى التي تساهم بشكل مباشر أو غير مباشر في عملية الدفاع عن الجسم مثل الكبد

اهم مميزات الجهاز المناعى

واحدة من أهم أسرار فاعلية الجهاز المناعي هو قدرته على التمييز بين ما يخص الجسد ولنسميه الأنا وما هو خارج عنه ولنسميه الغير. يتعايش جهاز المناعة بسلام مع أعضاء الجسد المختلفة دون أن يلحظها في الكثير من الحالات. أما مجرد مرور جسم غريب عليه فإنه يتغير بسرعة لشن هجوم مضاد. أي جسم ينشط هذا الجهاز ويفعل العملية العدائية يسمى أنتيجين. حتى الخلايا وأعضاء جسد أشخاص أغراب عنا تحمل هكذا مكونات (أنتيجينات) وتولد تفاعل عدائي ضدها إلا إن كانت من جسد توأم مطابق. وهنا يكمن تفسير مبدأ رفض الأعضاء المزروعة من الغير.
في حالات غير طبيعية يخطأ جهاز المناعة في قراءة الأنا كغير ويبدأ هجوم مضاد للأعضاء الحاملة للأنتجين في نفس جسده وهذه هي أمراض المناعة الذاتية كالروماتزميات.
وفي أحيان أخرى يتنشط الجهاز المناعي ضد مكونات دخيلة ولكنها في الحقيقة غير ذات ضرر كامن وهنا يسمى هذا النشاط بأمراض الحساسية. يسمى الأنتيجين المولد للحساسية بالألرجين، من كلمة أليرجي وهي حساسية بالإنجليزية.

The immune system is a very complex system with several functional components
. It is constituted by a network of interacting cells and molecules
which recognize foreign substances. These foreign substances are called antigens.
The molecules of the immune system that recognize antigens are called antibodies.
An antibody does not recognize an antigen as a whole object. Instead, it
recognizes small regions called epitopes. An antibody recognizes an antigen if
it binds to one of its epitopes. The binding region of an antibody is called the
paratope

مراجع

http://en.wikipedia.org/wiki/Immune_system
http://rheumatology.maktoobblog.com/864 ... 8%B9%D8%A9


وطبعا دكتور مصطفى محمود له كل التقدير والاحترام والحب يشرح لنا


بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

كيف يعمل الجهاز المناعى

هارون يحيى وشرح كيف يعمل جهاز المناعة





لنلخص ما يقال هنا بحكاية
الجسم عبارة عن قلعة كبيرة تحميها الكثير من العوامل والجنود من طبقات الجلد والدموع والعرق وو
كل هذة عوامل تحمى الجسم من ان يخترقة اى اعداء والاعداء هنا للجسم لا تراهم مثل البكتريا والفيروسات
عندما يحاول اى دخيل اختراق هذة القلعة فانها يجب ان تمر عبر هذة العوامل
ولكن احيانا هذة الجنود لا تجدى فمثلا ممكن يجرح الشخص ويدخل للجسم فيروس
كما يمكن الا تكفى الدموع للحماية من فيرس ما
فيبدا الفيروس فى الدخول للخلايا وعندما يدخل فى الجسم يبدا بالعمل
من يقابلة فى هذة الاثناء تقابلة macrophage ويبدأ بابتلاعهم واكلهم
لكن ماذا اذا لم تفلح فى ذلك
يبدا ال helper T-celler بطلب المساعدة من B-celler وتبدأ التدخل الهجوم على الفيرس
لكن ماذا اذا لم تفلح فى ذلك
يبدا بتدخل الT-killer ويقوم بمحو الفيرس تماما وتتجمع كل هذة العوامل لمقاتلتة
اخيرا يبقى النصر لهم او للفيرس واكيد احنا راح نعرف النصر لميين لان لو النصر بقى للفيرس فهذا يعنى الموت
هذا ما فهمتة والله اعلى واعلم ننتظر تكملة القراءة لنفهم بشكل اكبر



بالتوفيق

[FOOOOX]

ماشالله مقدمه رائعه لي فترة لم أدخل المنتدى و أول دخول أفتتح بهالموضوع الرائع ..

لي زمن عن الشبكات العصبيةو الخوارزميات الجينية و مواضيعها الشيقه

جميل نحن معاك و انا أول متابعينك ,,,

جزاك الله خيرا على الجهد

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة
جزاكم الله كل خير --هذا من فضل ربى
ان شاء الله اقدم موضوع جيد يستفيد بة الاعضاء جميعا
بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل
هذا فيديو يقوم بشرح ما سبق على هيئة كرتون تعجبنى هذة الطريقة للشرح فممكن بذلك نعلم حتى الاطفال كيف يعمل جهاز المناعة فى الانسان بسهوله جدا
http://www.2shared.com/file/7677219/74a ... mmune.html

دور خلايا B ؟
تتميز هذه الخلايا بأنها ذات قدرة على إنتاج وإفراز مواد جليكوبروتينية تسمى " أجسام مضادة (- antibodies ) وذلك كرد فعل على دخول مسبب مرض أو مادة غريبة الى الجسم. ترتبط هذه الأحسام المضادة بمسبب المرض أو بالمادة الغريبة وتساهم في تدميره.
تنتشر هذه الأجسام المضادة في سوائل الجسم ( مثل بلازما الدم، السائل بين الخلوي، الإفرازات الخارجية مثل الدمع والعرق والحليب ) ولذلك سمي رد الفعل المناعي هذا برد فعل هومورالي أي رد فعل بواسطة سوائل الجسم.

ما هو دور خلايا T ؟
تتألف خلايا T من ثلاثة أنواع:
1. خلايا T مساعدة ( Helper T cells وباختصار TH ). لهذه الخلايا دور بالغ الاهمية في تنشيط عمل خلايا B وخلايا T الاخرى.
2. خلايا T مسمّة (cyto-toxic T cells )، وباختصار TC . لهذه الخلايا قدرة على تدمير وقتل الخلايا السرطانية والخلايا المصابة بالفيروس وغيرها.
3. خلايا T كابحة، أي أنها تقوم بتنظيم نشاط خلاياT الأخرى (suppressor T cells) وباختصار TS

الفيديو طبعا مسجل وليس من انتاجى --تابعوا الفيديو والشرح السابق وشاركوا اهل بيتكم بكيفية دفاع الجسم عن نفسة من الغرباء
نكمل وقت لاحق باذن الله
بالتوفيق

[مختبراتية]

يديكي العافية،،،



ومتابعاااااااااكي،،

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة
جزاكى الله كل خير
بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

لنكمل بأذن الله

ما هو الAntibody:

هو بروتين على شكل الحرف Y الإنكليزي ويتواجد في الدم والسوائل الجسدية الأخرى في الفقاريات، و يتم استخدامه من قبل جهاز المناعة للتعرف على الأجسام الأجنبية و تحيدها مثل البكتريا والفيروسات.

35a707fc15.gif (34.39 KiB) شوهد 549 مرات

وظيفتها

الأضداد تساهم في المناعة بثلاث طرق: منع الجراثيم من الدخول إلى أو تحطيم الخلايا عن طريق الالتصاق بهم؛ أويقومون بتحفيز عملية إزالة جرثومة معينة بتحفيز الماكروفيجز macrophages وخلايا أخرى بارتداء الجرثومة؛

f2b08e44ba.gif (41.72 KiB) شوهد 549 مرات

مراجع

http://ar.wikipedia.org/wiki/%D8%B6%D8% ... 8%B9%D8%A9)
http://www.6abib.com/a-734.htm
http://en.wikipedia.org/wiki/Artificial_immune_system
نكمل فى مرة قادمة بأذن الله
بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

لنكمل بأذن الله

انواع المناعة

المناعة الطبيعية (الفطرية أو اللانوعية) Natural (Innate or non-specific) immunity :-

وهي المناعة التي يرثها الكائن الحي من والدية وتنمو وتتطور فاعليتها بشكل طبيعي مع تطور حياة الإنسان ويبدأ عملها مند الولادة في مقاومة غزو الأجسام الغريبة والميكروبات الضارة ولا تعتمد آليتها علي عوامل خلـوية أو خلطيه محددة ولا تحتاج إلى التعرف النوعي علي الأحياء الدقيقة أو الأجسام الغريبة الغازية للقيام بدورها المناعي وتعمل هذة المناعة بذات الطريقة في كل مرة يتعرض فيها الجسم للمهاجمة من قبل الأجسام الغريبة من جديد ويمكن تعريف المناعة الطبيعية على أنها عبارة عن خطوط دفاعية ميكانيكية وكيميائية وخلوية
مثل الجلد والشعر والدموع واللعاب والعرق ...

المناعة (النوعية) المكتسبة Acquired (Specific) immunity وهى المهمة لنا بأذن الله

عندما تتمكن الأجسام الغريبة والجراثيم من اختراق حواجز دفاعات المناعة الطبيعية فأن الجسم يقوم ببناء وسائل دفاعية مناعية إضافية تتولى مهمة الدفاع عن الجسم، تساهم في هذة الدفاعات الأجسام المضادة والخلايا البلعمية (البلعميات) الكبيرة والخلايا الليمفاوية (الليمفاويات) وجهاز المتمم.
المناعة النوعية (المكتسبة) ليست مثل المناعة الفطرية (الطبيعية) فهي استجابة مناعية مكتسبة ضد التنبيه بواسطة مستضدات غريبة، هذا التنبيه ينتج عنه اكتساب ذاكرة مناعية وإنتاج أجسام مضادة (أو خلايا تائية) تتفاعل بشكل نوعي مع المستضدات التي أدت إلي إنتاجها.
* The specific immunity is an adaptive response to foreign antigenic stimulus`,, which results in the acquisition of immunologic memory and the production of antibody (or T-cells) which reacts specifically with the antigen that caused its production.
وهكذا فأن التخصصية والتنوع والذاكرة هي أهم مميزات المناعة المكتسبة، بالإضافة إلي القدرة علي التميز بين الذات وغير الذات.
* Specificity, diversity and memory are the key features of the acquired immunity.
أن طبيعة عمل المناعة الطبيعية والمكتسبة هي علاقة متصلة ومكملة لبعضهما البعض حيت أن عمل المناعة الطبيعية هي توفير الوسائل الأساسية أهم الأولية لمقاومة الأجسام الغريبة والجراثيم التي تحاول إلي تغزو الجسم بينما دور المناعة المكتسبة هو توفير مناعة نوعية قوية وفاعلة لتطوير وتعزيز فاعلية المناعة الطبيعية وتوفير الذاكرة المناعية لتذكر الأجسام الغريبة إذا ما كررت مهاجمة الجسم مرة أخرى.

انهى بهذة الجملة ونكمل عليها فى المرة القادمة بأذن الله

عندما تحدث استجابة مناعية ضد اي مستضد فأن الاستجابة المناعية لا تكون موجة نحو كامل المستضد (الجسم الغريبantigen) وانما نحو اجزاء صغيرة منه توجد عادتا علي جدار او الغشاء الخارجي للجسم الغريب ، هذة الاجزاء الصغيرة تعرف بالمواقع او المحددات المستضدية (antigenic site or antigenic determinants) او الابيتوب (epitopes)
هذة الجملة يمكن تلاحظوها فى الفيديو للمشاركة السابقة

المرجع

علم المناعة( IMMUNOLOGY).rar

(257.62 KiB) 22 مرة

بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

اليوم راح ننتقل من immune system to artificial immune system


بداية خوارزميات ال artificial immune system تنقسم الى ثلاثة:

clonal selection-1
negative selection-2
immune networks-3


راح نبدأ ب clonal selection بأذن الله
توقفنا فى المرة السابقة عند

عندما تحدث استجابة مناعية ضد اي مستضد فأن الاستجابة المناعية لا تكون موجة نحو كامل المستضد (الجسم الغريبantigen) وانما نحو اجزاء صغيرة منه توجد عادتا علي جدار او الغشاء الخارجي للجسم الغريب ، هذة الاجزاء الصغيرة تعرف بالمواقع او المحددات المستضدية (antigenic site or antigenic determinants) او الابيتوب (epitopes)
هذة الجملة يمكن تلاحظوها فى الفيديو للمشاركة السابقة

اذا الحكاية ان الantibodies لا يتعرف على الantigen بالكامل بل على جزء منة اسمة epitopes
والantibodies تتعرف على الantigen عندما يلتحم او يرتبط مع الantigen وتسمى قوة الالتحام او الارتباط بالaffinity
وهى تعتمد على الشكل والتكامل بين antibodies و antigen وتسمى منطقة الالتحام فى الantibodies بالparatop
مثل ما قلنا مسبقا الantibodies تنتجها خلايا B cellsوكل خلايا b cells تنتج نوع معين من الantibodies

هنا فكرة العمل clonal selection احد اهم خوارزميات ال artificial immune system
*****************************************************************************************

عندما يرتبط الantibody مع احد الantigen او مع another antibody
فأن خلايا B-cells المنتجة لهذا الantibody
تقوم بعمل نسخ clone منة (اى يحدث لها حث stimulus لانتاج نسخ منة والتغيير فية mutate )
اما antibodies التى لم ترتبط مع اى antigen or antibody فانها تموت مع الزمن
لذا فأن عملية الاختيار selection تتم بناء على ان antibodies التى لها قوة التحام affinity هى التى تكبر ويحدث لها amplified
اما الاخرى فتموت وهذا ما يسمى ب clonal selection

*****************************************************************************************

The clonal selection principle describes the response of cells from the adaptive
immune system, called lymphocytes, to antigens. Lymphocytes are divided into
T cells and B cells. When a B cell is exposed to an antigen it recognises it
begins to proliferate (clone). The clones terminate as either antibody secreting
plasma cells or B-memory cells that circulate throughout the host in case of reinfection.
The clones undergo mutation of the gene region responsible for
recognising antigens; this allows the immune system to adapt to recognise new
antigens

animation يوضح clonal selection
http://student.ccbcmd.edu/courses/bio14 ... nalan.html

فيديو يوضح Fighting Infection by Clonal Selection





******************************************************************************************

كيف نحل اى مشكلة رياضية باستخدام خوارزمية الclonal selection
بداية
نعتبر كل antibody هو حل ممكن للمشكلة لدينا وان antigen هوfitness function التى نريد الحل الامثل لها
بداية نكون population من random antibodies حلول عشوائية
ثم نحسب لها قوة الالتحام affinity ال fitness function لنرى اى حل اكثرهم جودة
ثم الحلول الاكثر جودة هى فقط التى يتم عمل mutation لها اى تغيير بسيط
ونقوم بحذف الحلول التى affinity لها عالية اى fitness function لها غير كويسة


الخوارزمية باختصار لحل مشاكل الoptimization

Untitled2.jpg (30.74 KiB) شوهد 499 مرات

الخوارزمية لحل مشاكل pattern recognition

Untitled1.jpg (45.88 KiB) شوهد 499 مرات

نكمل وقت لاحق بأذن الله

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

عموما اكواد مفتوحة المصدر لها
بc #
http://www.codeproject.com/KB/recipes/c ... spin2.aspx
بجميع اللغات
http://www.artificial-immune-systems.or ... thms.shtml

الكود بلغة الجافا هو تعديل لما فى موقع الcodeproject

CODE: تحديد الكل

import java.util.Random;
   
   public class Antibody implements Cloneable
   {
      
        private double[] xyvalues;
        private double fitness;
        private double normalisedFitness;
       
        private double mutationfactor;
        private double lowerboundary;
        private double upperboundary;
        private static Random rand = new Random();
       

   public Antibody(double mutation, double lowerlimit, double upperlimit)
   {
   
       this.mutationfactor = mutation;
            this.lowerboundary = lowerlimit;
            this.upperboundary = upperlimit;
            xyvalues= new double[2];

            //Create random x value
            getXyvalues()[0] = lowerboundary + (upperboundary - lowerboundary) * rand.nextDouble();
            //Create random y value
            getXyvalues()[1] = lowerboundary + (upperboundary - lowerboundary) * rand.nextDouble();         
   }
      
    public Antibody(Antibody copyAntibody)
        {
            this.mutationfactor = copyAntibody.mutationfactor;
            this.lowerboundary = copyAntibody.lowerboundary;
            this.upperboundary = copyAntibody.upperboundary;
            this.xyvalues = copyAntibody.getXyvalues();
        }


        // The IClonable interface forces us to write
        // a Clone() method to clone an antibody

       public Object clone() throws CloneNotSupportedException{
       
            // clone this Antibody
            Antibody myAntibody =  new Antibody(this);
            myAntibody.xyvalues = (double[])getXyvalues().clone();
            return myAntibody;
        } 

        public void Mutate()
        {
           
            // The mutation factor should be inversly proportional to
            // the Antibodies fitness to ensure that better solutions are
            // mutated less

            // If mutationfactor = 100 then 1/100 =0.01

            // Calculate affinity mutation factor

            double affinityMutator;
           
            affinityMutator = (1.0 / mutationfactor) * Math.exp(-1 * normalisedFitness);

            getXyvalues()[0] = getXyvalues()[0] + affinityMutator * rand.nextDouble();

            if (getXyvalues()[0] > upperboundary) getXyvalues()[0] = upperboundary;
            if (getXyvalues()[0] < lowerboundary) getXyvalues()[0] = lowerboundary;

            getXyvalues()[1] = getXyvalues()[1] + affinityMutator * rand.nextDouble();
           
            if (getXyvalues()[1] > upperboundary) getXyvalues()[1] = upperboundary;
            if (getXyvalues()[1] < lowerboundary) getXyvalues()[1] = lowerboundary;
        }

       
        public double findAffinity(Antibody c)
        {
            // Affinity is calculated as the Euclidean distance
            // between two antibodies
           
            double affinity = 0.0;

            double[] cxyvalues = c.getXyvalues();
            double dx = Math.pow((getXyvalues()[0] - cxyvalues[0]),2);
            double dy = Math.pow((getXyvalues()[1] - cxyvalues[1]),2);

            affinity = Math.sqrt(dx + dy);
           
            return affinity;
        }

        public void calcNormalisedFitness(double lowfit, double highfit)
        {
            //lowfit = lowest fitness value for all antibodies
            //highfit = highest fitness value for all antibodies
           
            normalisedFitness = (getFitness() - lowfit) / (highfit - lowfit);

        }

        public void evaluate()
        {
            fitness = FitnessFunction.evaluateFunction(getXyvalues());
        }   

    public double[] getXyvalues() {
        return xyvalues;
    }

    public double getFitness() {
        return fitness;
    }
      
   }





CODE: تحديد الكل


public class FitnessFunction
   {
       /*
         * This class evaluates and returns the fitness value
         * for given x y values using the evaluateFunction.
         *         
        */

        public FitnessFunction() { }  //empty constructor

        public static double evaluateFunction(double[] values)
        {
           double x = values[0];
            double y = values[1];
            double n=9;
            double fitness;

            //Optimal solution for this function is (0.5,0.5)
            fitness = Math.pow(15 * x * y * (1 - x) * (1 - y) * Math.sin(n * Math.PI * x) * Math.sin(n * Math.PI * y), 2);
            return fitness;

        }
   }





CODE: تحديد الكل


import java.util.ArrayList;

   public class IAController
   {
      
        public ArrayList AntibodyArray; //arraylist containing antibody cells
        private int antibodyNumber; // starting number of antibodies
        private int cloneNumber; //number of clones from each antibody
        private int maxGens; // maximum number of generations (iterations)
        private double mutationFactor;
        private double removeThreshold;//threshold value used to remove antibody from pool
        private double diversity;//proportion of current pop size to be added for diversity
        private double clonalSelectionThreshold;//clonal selection average error threshold
        private double lowerBoundary; //lower boundary of search for both x and y
        private double upperBoundary; //upper boundary of search for both x and y
      
      public static void main(String[] args) {
               IAController ia    = new  IAController();
               ia.GoOptimise();
               for (Object c1 : ia.AntibodyArray)
            {
                   Antibody c=(Antibody)c1;
                double[] xyvals =c.getXyvalues();
                double x =xyvals[0];
                double y =xyvals[1];
                double fit =c.getFitness();
              System.out.println( "x = " + x + " y = " + y + " fitness = " + fit+"\n");
                     
                }
                }
   public IAController(){
         
            AntibodyArray = new ArrayList();
            antibodyNumber = 50;
            cloneNumber = 20;
            maxGens = 600;
            mutationFactor = 80;
            removeThreshold = 0.2;
            clonalSelectionThreshold = 0.01;
            diversity = 0.5;
            lowerBoundary = 0.0;
            upperBoundary = 1.0;
      }
      

      
   public void GoOptimise()
        {
            //Testing clonal algorithm
            CreateAntibodies(antibodyNumber);//create an initial population of cells


            for (int g = 0; g < maxGens; g++)
            {
                ClonalSelection();
                CalcAffinityInteractions();
                CreateAntibodies((int)(Math.round(AntibodyArray.size() * diversity)));
            }
           
   }
      
      
   public void CreateAntibodies(int numOfCells)
        {
            // Create a population of antibodies
            // Each antibody has a random [x,y] value between
            // the upper and lower limits

            Antibody c;
            for(int i =0; i<numOfCells;i++)
            {
                             
                c = new Antibody(mutationFactor,lowerBoundary,upperBoundary);
                c.evaluate();
                AntibodyArray.add(c);
            }
        }

        private void ClonalSelection()
        {
            Boolean goahead;
            double averageFitnessBefore = 0.0; //Average population fitness before clonal selection
            double averageFitnessAfter; //Average population fitness after clonal selecion
            double fitnessSum; //Sum of all fitneses of the cells in the system

            //Iterate using goahead (possibly dangerous)

            do
            {

                Evaluatecells();
                CloneCells();
                fitnessSum = 0;

                for (int i = 0; i < AntibodyArray.size(); i++)
                {
                    Antibody c = (Antibody)AntibodyArray.get(i);
                    fitnessSum = fitnessSum + c.getFitness();

                }

                averageFitnessAfter=fitnessSum/AntibodyArray.size();

                if ((averageFitnessAfter - averageFitnessBefore) < clonalSelectionThreshold)
                {
                    goahead = false;

                }
                else
                {
                    goahead = true;
                    averageFitnessBefore = averageFitnessAfter;
                }

            } while (goahead);

        }
       
       
        private void Evaluatecells()
        {
            double lowest = 0;
            double highest = 0;
            Boolean starting = true;

            for( Object c1 : AntibodyArray)
            {
                Antibody c=(Antibody)c1;
               c.evaluate(); //calculates the fitness value for the cell

                if (starting)
                {
                    lowest = c.getFitness();
                    highest = c.getFitness();
                    starting = false;
                }
                else
                {
                    if (c.getFitness() > highest) highest = c.getFitness();
                    if (c.getFitness() < lowest) lowest = c.getFitness();
                }
              }

            for(Object c2 :AntibodyArray)
            {
                 Antibody c=(Antibody)c2;
                c.calcNormalisedFitness(lowest, highest);
            }
        }

       
       
        private void CloneCells()
        {
            Antibody currentAntibody;

            Antibody[] clones = new Antibody[cloneNumber]; //Array of cloned antibodies

            int best;

            //Do the cloning
            for (int i = 0; i < AntibodyArray.size(); i++)
            {
                currentAntibody = (Antibody)AntibodyArray.get(i);
                best = 0;

                for (int j = 0; j < cloneNumber; j++)
                {
                try {
                    clones[j] = (Antibody)currentAntibody.clone();
                } catch (CloneNotSupportedException ex) {
                    ex.printStackTrace();
                }
                   
                    clones[j].Mutate(); //mutate using current fitness
                    clones[j].evaluate();// evaluate new fitness of mutated clone

                    if (clones[j].getFitness()> clones[best].getFitness()) best = j;

                }

                // If the best clone produced has a better fitness than
                // its parent antibody then the clone replaces the parent antibody.
                // If not then the parent stays in the immume system

                if (clones[best].getFitness() > currentAntibody.getFitness())
                {
                    //Replace antibody
                    AntibodyArray.add(i, clones[best]);
                    AntibodyArray.remove(i + 1);
                }
            }

        }

       
        private void CalcAffinityInteractions()
        {
            //Setup affinities array
            double[][] affinities = new double[AntibodyArray.size()] [AntibodyArray.size()];
           
            //Initialise the affinities array by calculating
            // the affinities between all antibodies in the system
            for(int i=0; i<AntibodyArray.size();i++)
                for (int j = 0; j < AntibodyArray.size(); j++)
                {
                    if (i > j)
                    {
                        affinities[i] [j] = 0;
                    }
                    else
                    {
                        Antibody ci =(Antibody)AntibodyArray.get(i);
                        Antibody cj =(Antibody)AntibodyArray.get(j);
                        affinities[i][j] = ci.findAffinity(cj);
                    }
                }//for j
           
            //create a temp array of type Antibody before deletion process
           
            Antibody[] tempAntibodyArray = new Antibody[AntibodyArray.size()];

            for (int k = 0; k < AntibodyArray.size(); k++)
            {
                tempAntibodyArray[k] = (Antibody)AntibodyArray.get(k);
            }

            for(int i=0; i<tempAntibodyArray.length;i++)
                for(int j=0; j<tempAntibodyArray.length;j++)
                    if ((i < j) && (affinities[i][ j] < removeThreshold))
                    {
                        if (tempAntibodyArray[i].getFitness() < tempAntibodyArray[j].getFitness())
                        {
                            AntibodyArray.remove(tempAntibodyArray[i]);
                        }
                        else
                        {
                            AntibodyArray.remove(tempAntibodyArray[j]);
                        }
                    }

        }//end calcAffinities and remove
      
}




نسخة تنفيذية

immuenSysetm.rar

(31.06 KiB) 25 مرة

اذا حتى استخدم المشكله لحل مشكله اخرى من مشاكل الoptimization كل ما علينا التغيير فى كلاس حساب الfitness
وتمثيل الحل Antibody وطبعا بعد المعاملات وقيمها
نكمل مرة اخرى بأذن الله
بالتوفيق

[soldierofallah]

بسم الله الرحمن الرحيم
والصلاة والسلام على اشرف المرسليين سيدنا محمد صلى الله علية وسلم

اللهم لا سهل الا ما جعلتة سهلا انك سبحانك ان شئت تجعل الحزن سهل

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة


بعدما طبقنا على مشاكل ال optimization بقى لدينا الان تعريف هيكل الخوارزمية على مشاكل التصنيف

11.jpg (35.42 KiB) شوهد 462 مرات

بعد اكمال الكود لها راح اكمل شرحها بأذن الله

بالتوفيق

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة
هذا كتاب online
http://books.google.com/books?hl=ar&lr= ... q=&f=false
بالتوفيق

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

قائمة بالمصطلحات ومقابلها

Untit1.jpg (30.71 KiB) شوهد 391 مرات

بالتوفيق

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

CODE: تحديد الكل

P <- rand(N, L)
While Not StopCondition Do
ForEach p of P Do // presentation
affinity(p)
EndFor
P1 <- select(P, n) // clonal selection
ForEach p1 of P1 Do // clonal expansion
C <- clone(p1)
EndFor
ForEach c of C Do // affinity maturation
hypermutate(c)
EndFor
ForEach c of C Do // presentation
affinity(c)
EndFor
P <- insert(C, n) // greedy selection
Pr <- rand(d, L)
P <- replace(P, d, Pr) // random replacement
EndWhile







بالتوفيق

[أم أباذر]

ماشاء الله عليك أبدعتي في أسلوب الشرح وجزاك الله خيرا
وتسلمي يامبدعه...........

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

جزيتم خير جميعا

هناك فيديو لدكتور مصطفى محمود يشرح فية عمل الاجسام المضادة بشكل ممتاز اسمة مزرعة الصواريخ
http://islamicmedia.wordpress.com/mostafamahmoud/
حلقة رقم 30
اعجبنى فية جدا ان احد العلماء يكتب مقال صغير وفقط فى اخر المقال عبارة اصغر تفيد بأنة يمكن استخدام هذا فى مجال كذا وكذا ويطبقة عالم اخر ويأخذ هو بالتطبيق جائزة نوبل هذا يدعونا الى التركيز فى قراءة المقالات لان فعلا اقل العبارات تعنى كثير ويمكن استنباط منها افكار شتى

بالتوفيق

[أم أباذر]

موضوع جميل وشرح أكثر من رائع تسلمي ونحنا متابعيين
وجزاكي الله خيرا على طرحك الرائع ومواضيعك المميزة.ِ

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة

بارك الله فى كل من شارك بالموضوع وجزيتم خير جميعا

اختى ام اباذر جزيتى كل خير لدعمك الله يبارك فيكى امين يارب

بالتوفيق

[soldierofallah]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاتة


هذا هو الكتب بعد التعديل

قام بتعديل -وتنسيق الكتيب الاخ الفاضل ابن تاشفين فأسال الله ان يجزية الاجر والثواب لمساعدتى فى اظهار الكتاب بهذا الشكل

جزاكم الله خير